医療費控除の明細書の書き方｜記入例とセルフメディケーション税制の選び方

医療費控除の明細書は、1年間に支払った医療費を「医療を受けた人」と「病院・薬局」ごとにまとめ、控除額を計算して確定申告書に添付する内訳書です。領収書そのものは添付しませんが、税務署から求められたときに出せるよう、確定申告期限等から5年間は手元に保管します。

税理士事務所では、顧問先や個人のお客様から領収書の束と健康保険組合の「医療費のお知らせ」をまとめて預かり、短い期間で集計して明細書に落とし込む場面が毎年あります。この記事では、国税庁の様式（医療費控除の明細書【内訳書】）に沿って、1〜3の各欄の書き方を検算済みの記入例でたどり、セルフメディケーション税制とどちらを選ぶかの判断と、集計作業をAIで時短する方法までをまとめます。令和8年分（令和9年2〜3月に申告）の準備を想定しています。

• 医療費控除の明細書の役割と、領収書の5年保管の考え方
• 控除額の計算ルール（10万円または所得金額等の5%、上限200万円、補塡金額の扱い）
• 明細書「1 医療費通知に記載された事項」「2 医療費（上記1以外）の明細」「3 控除額の計算」の書き方
• 数値つきの記入例（所得が200万円以上の人／200万円未満の人）
• セルフメディケーション税制との違いと選び方、令和8年度税制改正の大綱で示された見直し
• 国税庁の医療費集計フォームやエクセルでの集計と、AIを使ったチェックのプロンプト例

医療費控除の明細書とは？添付するもの・保管するもの

医療費控除を受けるときは、確定申告書に「医療費控除の明細書」を添付します。国税庁の手引きでは、医療費の領収書の添付や提示は不要とされる一方、明細書の記入内容を確認するため、確定申告期限等から5年間は税務署から領収書（医療費通知に係るものを除きます）の提示や提出を求める場合があると案内されています（国税庁「医療費控除の明細書」記載要領）。

添付するのは明細書、領収書は5年間保管

実務上の整理は次のとおりです。お客様には「領収書は申告が終わっても捨てない」と一言添えて返却すると、後日の問い合わせに慌てずに済みます。

様式の入手方法：国税庁PDF・次葉・確定申告書等作成コーナー

手書きで作る場合は、国税庁の「医療費控除の明細書【内訳書】」のPDFを使います。行が足りないときは「次葉」の様式も用意されています。様式の上部には「この控除を受ける方は、セルフメディケーション税制は受けられません」と明記されています（国税庁「医療費控除の明細書【内訳書】」様式PDF）。

件数が多いお客様は、国税庁の確定申告書等作成コーナーで入力すると、明細書と申告書が一緒に作られます。後述する「医療費集計フォーム」を使えば、エクセルで集計したデータを読み込むこともできます。

会社員の医療費控除は確定申告（還付申告）で受ける

医療費控除は、確定申告書に明細書を添付して受ける控除です。給与所得者で確定申告の義務がない人が医療費控除だけを受ける場合は還付申告になり、国税庁によると還付申告はその年の翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 タックスアンサー No.2030）。令和8年分であれば、令和9年1月から受け付けられます。ただし、事業所得などがあって確定申告が必要な人は、通常の申告期限までに提出します。個人事業主の申告準備全体の流れは個人事業主の確定申告×AI活用術（帳簿づけから申告準備まで）で整理しています。

医療費控除の計算ルール：10万円・所得の5%・上限200万円

明細書の「3 控除額の計算」欄を正しく埋めるには、まず計算の仕組みを押さえておく必要があります。国税庁のタックスアンサーでは、医療費控除額は次の式で計算し、最高200万円とされています（国税庁 タックスアンサー No.1120）。

（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補塡される金額）− 10万円 ＝ 医療費控除額（最高200万円）
※その年の総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく総所得金額等の5%の金額

対象になるのは1月1日〜12月31日に「実際に支払った」医療費

対象は、自分や自分と生計を一にする配偶者その他の親族のために、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費です。未払いの医療費は、実際に支払った年の対象になります。12月に受診して翌年1月に支払った分は翌年分に回る、という点は、医療費通知の金額を使うときにも効いてきます。

総所得金額等が200万円未満なら「5%」が基準になる

差し引く額は「10万円」と「総所得金額等の5%」のいずれか少ない方です。たとえば総所得金額等が160万円の人は5%で8万円となり、医療費が10万円に届かなくても控除を受けられる場合があります。年金収入だけの親族や、パート収入の配偶者が医療費をまとめて支払っていた家庭では、誰が申告するかで結果が変わることがあるため、支払った人と所得を確認しておくと判断がぶれません。

補塡金額は「その給付の目的となった医療費」が限度

入院費給付金、高額療養費、出産育児一時金など、保険金や給付金で補塡される金額は医療費から差し引きます。国税庁の記載要領では、補塡される金額は給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引き、引ききれない金額が生じても他の医療費からは差し引かないとされています。申告時までに金額が確定していない場合は見込額を記入し、後日異なる額を受け取ったら申告内容を訂正します。

たとえば、入院費5万円に対して医療保険の入院給付金が8万円出た場合、差し引くのは5万円までです。残りの3万円を歯科の治療費など別の医療費から引くことはしません。

対象になる医療費・ならない医療費の早見表

迷いやすいものを、国税庁のタックスアンサー No.1122の記載に沿って整理します。対象になるものでも、病状などに応じて一般的に支出される水準を著しく超える部分は除かれます。

明細書の書き方①「1 医療費通知に記載された事項」

健康保険組合や市区町村などの保険者から届く「医療費のお知らせ」は、一定の要件を満たせば医療費通知として明細書に添付でき、その分は領収書から1件ずつ書き出す必要がなくなります。件数の多い家庭ほど効果が大きい欄です。

医療費通知として使えるのは6項目が記載されたもの

明細書の様式と国税庁の記載要領では、医療費通知とは医療保険者等が発行する医療費の額等を通知する書類で、次の6項目が記載されたものをいうとされています。

1. 被保険者等の氏名
2. 療養を受けた年月
3. 療養を受けた者の氏名
4. 療養を受けた病院、診療所、薬局等の名称
5. 被保険者等が支払った医療費の額
6. 保険者等の名称

預かった「お知らせ」にこのうちどれかが欠けている場合は、医療費通知としては使えないため、その期間の医療費は領収書から「2」の欄に記入します。また、医療費通知に保険者番号や被保険者等記号・番号が記載されている場合は、その部分を復元できない程度に塗りつぶしてから添付します。

(1)〜(3)の各欄の書き方

実務で多いのは、医療費通知の対象期間と暦年がずれているケースです。(1)の金額をそのまま(2)に写さず、通知の対象月と領収書を見比べて「その年中に支払った額」に直してから(2)に書きます。通知に載っていない月の医療費は、領収書から「2」の欄に回します。

マイナポータル連携で医療費通知情報を取り込む

国税庁の「医療費控除を受ける方へ」では、マイナポータル経由で医療費通知情報を取得し、確定申告書等作成コーナーで該当項目に自動入力できると案内されています。家族の分も申告に含める場合は、マイナポータルで代理人の設定をすると取得でき、その設定には申告者と家族のマイナンバーカードが必要です。

明細書の書き方②「2 医療費（上記1以外）の明細」

医療費通知に載っていない医療費は、領収書から「2」の欄に書きます。「1」に記入したものは重ねて書きません。自由診療の歯科治療、ドラッグストアで買った風邪薬、通院の電車・バス代などが典型です。

「領収書1枚ごと」ではなく「人・病院ごと」にまとめる

様式には「領収書1枚ごとではなく、医療を受けた方・病院等ごとにまとめて記入できます」と書かれています。同じ人が同じ病院に10回通っていれば、合計して1行で足ります。集計の段階で「医療を受けた人×支払先」の組み合わせごとに合計を出しておけば、明細書の行数をかなり減らせます。

「医療費の区分」のチェックの付け方

区分は4つで、複数に当てはまれば複数にチェックします。病院で診察を受けて院内で薬をもらった場合は「診療・治療」と「医薬品購入」の両方、というように付けます。国税庁の記載要領では、「その他の医療費」は通院費や医療用器具の購入（いずれも通常必要なものに限る）などがある場合にチェックするとされています。

通院費は乗り継ぎをまとめて1行にしてよい

電車・バスの通院費は領収書が出ないことが多いため、お客様に「受診日・区間・往復運賃」のメモを残してもらいます。国税庁の記入例では、2回分の往復運賃（JRと路線バス）を「通院費計」として1行にまとめており、支払先が乗り継ぎで複数ある場合もまとめて記入して差し支えないとされています。

明細書の書き方③「3 控除額の計算」A〜Gの埋め方

「1」と「2」が埋まったら、下段の「3 控除額の計算」でA〜Gを順に計算します。様式の矢印どおりに転記すれば迷いませんが、Dの「所得金額の合計額」だけは申告書第一表との突き合わせが必要です。

㋒と㋓は「2の合計」欄の(4)と(5)の合計です。「1」の欄を使わない場合は㋐㋑が空欄になり、Aは㋒、Bは㋓だけになります。

Dの「所得金額の合計額」で漏れやすい加算

様式の注記では、Dには申告書第一表の「所得金額等」の合計欄の金額を転記し、退職所得や山林所得がある場合はその所得金額を、ほかに申告分離課税の所得がある場合はその所得金額（特別控除前の金額）を加算するとされています。株式の譲渡所得や土地建物の譲渡所得を分離課税で申告するお客様では、ここを第一表の合計だけで済ませると、E・Fが変わり控除額がずれることがあります。損失申告の場合の扱いも様式に注記があるため、該当するお客様では様式の注記を確認してから記入します。

医療費控除の明細書の記入例

ここからは、数値を入れた記入例で流れを確認します。金額は説明用の架空の例です。

記入例1：所得金額の合計額が350万円の人（家族3人分）

申告者本人の所得金額の合計額は350万円（分離課税の所得なし）。健康保険組合の医療費通知（1月〜11月受診分）があり、そのほかに領収書が残っているケースです。

1 医療費通知に記載された事項

2 医療費（上記1以外）の明細

妻の△△病院の行は12月の入院分で、医療保険の入院給付金10万円を(5)に書いています。給付金は入院費24万円の範囲内なので、全額を差し引きます。

3 控除額の計算

Gの313,000円を、申告書第一表の医療費控除欄に転記します。

記入例2：所得金額の合計額が160万円の人

所得金額の合計額が160万円で、支払った医療費が95,000円（補塡なし）の場合です。Eは160万円×0.05＝80,000円、Fは80,000円と10万円の少ない方で80,000円、GはC95,000円−F80,000円＝15,000円になります。医療費が10万円以下でも控除額が出るのは、このように総所得金額等が200万円未満のケースです。家族のうち誰が支払ったことにするかは実際の支払いに基づいて判断し、控除額を増やす目的で名義を付け替えることはしません。

セルフメディケーション税制との違いと選び方

セルフメディケーション税制は、健康の保持増進や病気の予防に一定の取組をしている人が、対象の市販薬（特定一般用医薬品等）を購入した場合に受けられる医療費控除の特例です。通常の医療費控除と同時には使えず、どちらか一方を選びます（国税庁 タックスアンサー No.1129）。

2つの制度の違い（比較表）

セルフメディケーション税制の明細書は、「1 申告する方の健康の保持増進及び疾病の予防への取組」と「2 特定一般用医薬品等購入費の明細」「3 控除額の計算」で構成され、控除額は（支払った金額−補塡される金額）−12,000円、最高88,000円です（国税庁「セルフメディケーション税制の明細書」様式PDF）。様式には、人間ドックなど取組に要した費用は控除対象にならないと注記されています。取組を証明する書類は、令和3年分以後は添付や提示が不要ですが、確定申告期限等から5年間は税務署から求められる場合があります。

どちらが有利か：まず両方の控除額を出して比べる

判断の基本は「両方の控除額を計算して、大きい方を選ぶ」です。病院にほとんどかからず市販薬の購入が中心の人は、医療費控除では10万円の基準に届かず、セルフメディケーション税制なら控除が出る、ということがあります。

選ぶときのチェックポイントは次の3つです。

• 申告者本人がその年に健康診断や予防接種などの取組をしているか（していなければセルフメディケーション税制は使えない）
• 市販薬のレシートに対象品であることの表示があるか（対象品の範囲は厚生労働省が公表）
• 医療費控除の側は、家族全員分の医療費・通院費を集め切った金額で比べているか

一度選んだら、更正の請求や修正申告で切り替えられない

国税庁は、どちらかを選んで申告した後に、更正の請求や修正申告で他方に変更することはできないとしています。申告後に「別の病院の領収書が出てきた」と言われても、セルフメディケーション税制で申告していれば医療費控除には乗り換えられません。比較の前に、領収書や医療費通知が出そろっているかをお客様に確認しておくことが、事務所側の一番の防御になります。

令和8年度税制改正の大綱で示された見直し（令和8年分への影響）

セルフメディケーション税制は期限付きの特例で、厚生労働省の令和8年度税制改正要望の資料では令和8年末までの措置と説明されていました。財務省が公表した令和8年度税制改正の大綱では、次の措置を講ずるとされています。

• スイッチOTC医薬品（医療用から転用された一定の医薬品）の購入に係る部分は適用期限を撤廃し、それ以外の医薬品の購入に係る部分は適用期限を5年延長する
• 対象医薬品の範囲を見直す（消化器官用薬や一定の生薬を含む鎮咳去痰薬などを追加し、痩身・美容目的で使われる可能性がある医薬品を除外する、一定の体外診断用医薬品や薬局製造販売医薬品を追加する など）
• 対象範囲の見直しは令和9年分以後の所得税について適用する

厚生労働省のセルフメディケーション税制のページでは、改正後の法令等が令和9年1月1日施行として掲載されています。大綱どおりであれば、令和9年2〜3月に申告する令和8年分は、対象範囲の見直し前の取扱いで判断することになります。ただし、令和7年12月31日を末日に対象から外れた成分があることも厚生労働省から示されているため、購入時期と対象品の表示は必ずレシートで確認します。この記事の執筆時点で、国税庁のタックスアンサー（No.1129）には改正後の期限は記載されていませんでした。申告期が近づいたら国税庁の最新の案内で確かめてください。

事務所での集計フロー：預かりから明細書まで

医療費控除の作業時間の大半は、明細書の記入ではなく領収書の仕分けと集計です。毎年同じ手戻りが起きる事務所は、預かりの段階で集めるものを決めておくと楽になります。

お客様に用意してもらうもの

• 医療費の領収書（家族全員分、1月〜12月の支払分）
• 健康保険組合などから届いた「医療費のお知らせ」（届いていれば）
• 保険会社からの入院給付金などの支払通知、高額療養費の支給決定通知
• 通院の交通費メモ（受診日・医療機関・区間・往復運賃）
• 市販薬のレシートと、その年の健康診断・予防接種などの記録（セルフメディケーション税制と比較する場合）

依頼メールの文面は顧問先への資料依頼メール例文（確定申告の資料チェックリスト付き）を下敷きにすると、医療費関係の項目を足すだけで使えます。

国税庁の「医療費集計フォーム」を使う

国税庁は、支払った医療費を表計算ソフトで入力・集計できる医療費集計フォーム（エクセル形式）を公開しています。入力項目は「医療を受けた人」「病院・薬局などの名称」「医療費の区分」「支払った医療費の金額」「左のうち、補塡される金額」「支払年月日（任意）」で、フォーム内の説明では995件まで入力できるとされています。保存したデータは確定申告書等作成コーナーの医療費控除の入力画面で読み込めます。セルフメディケーション税制を適用する場合は使えません。

領収書の量が多いお客様は、まずこのフォームの列構成に合わせて入力しておくと、作成コーナーへの読み込みと明細書への転記の両方に使い回せます。

エクセルで自作するなら「人×支払先」で集計する

事務所独自のシートで入力する場合も、列は国税庁のフォームに合わせておくと後で読み込みやすくなります。集計はピボットテーブルで「医療を受けた人」と「支払先」を行に置き、金額を合計するのが一番早い方法です。関数で出すなら、次のようにSUMIFSを使います。

=SUMIFS($E:$E, $B:$B, "妻", $C:$C, "△△病院")
B列：医療を受けた人／C列：支払先／E列：支払った医療費の金額

補塡される金額の列も同じ条件で合計し、行ごとに「補塡額が医療費を超えていないか」を=IF(F2>E2,"要確認","")のような式で確かめておくと、限度額の扱いの漏れに気付けます。関数やショートカットの基本は士業事務所の経理が使うExcel関数・ショートカット100選にまとめています。

AIで医療費の集計・チェックを時短するプロンプト例

領収書の書き出し、人別・支払先別の集計、対象外の疑いがある支出の洗い出しは、AIが得意な作業です。領収書の読み取り（OCR）については領収書OCR×AI自動仕訳の進め方も参考になります。氏名などの個人情報を扱うため、入力してよいサービスかどうか（学習に使われない設定か、事務所の規程に沿っているか）は事前に確認してください。

プロンプト1：領収書の一覧を明細書の形にまとめる

あなたは日本の所得税の医療費控除に詳しい税理士事務所のスタッフです。
以下は【顧客名】さん一家の令和8年分の医療費の一覧（CSV）です。
国税庁「医療費控除の明細書」の「2 医療費（上記1以外）の明細」に転記できるよう、
「医療を受けた方」と「支払先」の組み合わせごとに合計してください。

出力は表で、列は次のとおり。
医療を受けた方／支払先／医療費の区分（診療・治療、介護保険サービス、医薬品購入、その他の医療費から該当するもの全て）／支払った医療費の額／補塡される金額

ルール：
- 支払日が令和8年1月1日〜12月31日以外の行は集計せず、別表で「対象年外」として列挙する
- 補塡される金額が同じ行の医療費を超える場合は、医療費の額を上限とし、「補塡額の上限超過」と注記する
- 医療費通知（医療費のお知らせ）に載っている受診月の行は、【1月〜11月】分を除外する

支払日,医療を受けた人,支払先,内容,金額,補塡額
【2026/02/18,妻,△△病院,診察,6500,0】
【……】

うまくいかない例：医療費通知の対象月を伝えずに集計させると、「1」と「2」で同じ医療費を二重に数えます。直し方：通知の対象期間を明記し、その月の行は除外するよう指示します。

プロンプト2：医療費控除の対象外になりそうな支出を洗い出す

以下の医療費の一覧から、医療費控除の対象にならない可能性がある行を抜き出し、
理由を1行で添えてください。判断に迷うものは「要確認」としてください。
特に次の観点で確認してください。
1. タクシー代（電車・バスが利用できない事情があったか）
2. 自家用車のガソリン代・駐車場代
3. 健康診断・人間ドック、予防目的のビタミン剤やサプリメント
4. マッサージ・整体（治療目的か）
5. 医師への謝礼
最終判断は国税庁のタックスアンサー No.1122 で人が確認するので、
推測で「対象」と断定しないでください。

【一覧を貼り付け】

うまくいかない例：「対象か対象外か判定して」とだけ聞くと、事情を知らないまま断定し、タクシー代を一律対象外にしたり、逆に施術代を一律対象にしたりします。直し方：「要確認」の選択肢を与え、お客様に確認すべき質問文も一緒に出させます。

AIに任せないこと：期限・対象範囲・制度の改正

セルフメディケーション税制の適用期限や対象品の範囲、医療費控除の対象になるかどうかの最終判断は、国税庁や厚生労働省の公表資料で人が確かめます。特に令和8年度税制改正のように見直しが入った年は、汎用のAIが古い情報で答えることがあります。申告書全体のAIチェックの進め方は税理士のChatGPT申告書チェック術（プロンプト集）で紹介しています。

国税庁などの公的資料を根拠に回答する税務特化のAIを使うと、制度の要件や改正の有無を出典付きで確認しやすくなります。税理士事務所向けの使い方は税理士向けの士業AIのページで、事務所スタッフの集計・文書作成への使い方は事務所スタッフ向けの士業AIのページで紹介しています。

医療費控除の明細書のよくある質問

医療費控除の明細書は手書きでもいいですか？

手書きでも構いません。国税庁の様式PDFを印刷して記入し、行が足りなければ次葉を使います。確定申告書等作成コーナーで入力すれば、明細書も一緒に作成されます。

医療費通知を添付した分の領収書も保管が必要ですか？

国税庁の案内では、税務署から提示や提出を求める場合がある領収書から、医療費通知に係るものは除かれています。ただし、医療費通知に載っていない期間や、通知の額と実際の支払額が違う部分は、領収書を基に「2」に記入するため、その領収書は保管が必要です。

明細書の金額を後から間違いに気付いたらどうしますか？

控除額が増える方向の誤りは更正の請求、控除額が減る方向の誤りは修正申告で直すのが原則です。ただし、医療費控除とセルフメディケーション税制の間で選択を変えることは、更正の請求や修正申告ではできません。

まとめ：明細書は「人×支払先」の集計と「1と2の二重計上防止」が要

医療費控除の明細書は、医療費通知を使う「1」、それ以外を人・支払先ごとにまとめる「2」、控除額を出す「3」の順に埋めていきます。控除額は（支払った医療費−補塡金額）から10万円（総所得金額等が200万円未満なら5%）を引いた額で、上限は200万円です。補塡金額は給付の目的となった医療費が限度になる点、Dの所得金額の合計額に分離課税の所得などを加算する点が、計算ミスの起きやすいところです。

セルフメディケーション税制とは選択制で、申告後に切り替えられません。令和8年度税制改正の大綱では期限の撤廃・延長と対象範囲の見直し（令和9年分以後）が示されているため、令和8年分の申告では最新の公表資料で取扱いを確かめます。領収書の書き出しや集計、対象外の洗い出しはAIと国税庁の医療費集計フォームに任せ、判断は人が一次情報で確認する分担にすると、申告期の作業を抑えられます。

参考文献

• 国税庁 タックスアンサー「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁 タックスアンサー「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」
• 国税庁 タックスアンサー「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】」
• 国税庁「医療費控除の明細書」（記載要領）
• 国税庁「医療費控除の明細書【内訳書】」様式PDF
• 国税庁「医療費控除を受ける方へ」
• 国税庁「医療費集計フォーム」
• 国税庁 タックスアンサー「No.2030 還付申告」
• 財務省「令和8年度税制改正の大綱」
• 厚生労働省「セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）について」