年末調整のやり直し｜1月31日までの再調整と源泉徴収票の再発行手順

年末調整が終わった後に「扶養控除の申告が漏れていた」「保険料控除証明書が後から出てきた」と分かることは珍しくありません。結論から言うと、会社が年末調整をやり直せる（再調整できる）のは、源泉徴収票を交付する翌年1月末日までです。それを過ぎて、税金が戻る方向の誤りなら従業員本人の確定申告（還付申告・更正の請求）で直します。ただし、税金が足りない方向の誤りは、1月を過ぎても会社がやり直して不足額を徴収する必要があります。

この記事は、年末調整の「書き方」や「効率化」ではなく、間違い・漏れが見つかった後の手順に絞っています。顧問先の経理・総務の方、税理士事務所のスタッフが、1月の慌ただしい時期にそのまま使える順番でまとめました。

この記事で分かること

• 年末調整のやり直し（再調整）ができる期限と、その根拠になる国税庁の資料
• 1月31日を過ぎたときの直し方（従業員の確定申告・更正の請求、会社が直すケース）
• 再調整の6ステップと、過不足額の精算・納付書（所得税徴収高計算書）への反映
• 源泉徴収票の「再交付」と、給与支払報告書・法定調書の訂正（令和8年分のみなし提出対応）
• 扶養控除等申告書の突合チェックや再提出依頼文をAIに下書きさせる方法

結論：年末調整のやり直しは「翌年1月末日」が境目

まず全体像を表にします。どの時点で誤りに気づいたかによって、直す人と直し方が変わります。

再調整ができる期限と根拠

所得税法では、扶養親族などの判定はその年の12月31日の現況で行いますが、年末調整は「その年最後の給与を支払うとき」に行います。このずれを埋めるのが再調整です。所得税基本通達190-5は、最後の給与を支払った後12月31日までに控除に異動があり、源泉徴収票が作成される時までに異動の申告があったときは、異動後の状況で税額を再計算してよいとしています（所得税基本通達 法第190条《年末調整》関係）。

国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」は、扶養親族等の異動、配偶者や特定親族の所得見積額の差、保険料控除申告書や住宅借入金等特別控除申告書の後出しのいずれについても、やり直しができるのは「給与所得の源泉徴収票」を受給者に交付することとなる翌年1月末日までと説明しています（年末調整のしかた 43ページ「年末調整後に給与の追加払や扶養親族等の異動があった場合の再調整」）。

令和8年分は1月31日が日曜日にあたり、法定調書などの提出期限は令和9年2月1日（月）と案内されています。ただ、再調整は源泉徴収票の作成・交付や給与支払報告書の提出と連動します。社内の締切は1月下旬に置き、源泉徴収票を交付する前に終わらせるのが安全です。

1月31日を過ぎたら：従業員本人の確定申告で直す

再調整の期限を過ぎた場合や、会社が再調整をしない場合でも、税金が戻る方向の誤りなら従業員本人が確定申告をして還付を受けられます（タックスアンサーNo.2671 年末調整の後に扶養親族等の人数が異動したとき）。通達190-5の注書きも、年末調整後に異動した所得控除は確定申告で精算できると明記しています。

例外：税金が足りない方向の誤りは1月を過ぎても会社が直す

見落としやすいのがこの点です。子どもの就職などで控除対象扶養親族が減ったのに控除したままだった、というように徴収不足の税額がある場合の年末調整のやり直しは、翌年1月末日以降であっても行う必要があるとされています（タックスアンサーNo.2671）。源泉徴収の不足は、従業員ではなく源泉徴収義務者である会社の納付漏れとして扱われる点に注意が必要です。どの月の納付で精算するか、加算税・延滞税がかかるかは個別の事情で変わるため、断定せず所轄税務署か顧問税理士に確認してください。

年末調整のやり直しが必要になる典型パターン

現場で多いのは、次の4つです。どれも「申告書の出し直し」から始まる点が共通しています。

扶養控除の漏れ・年末調整後の扶養親族の異動

最も多いのは、扶養控除等申告書に親族の記載が漏れていたケースと、年末調整の後、12月31日までに扶養親族の数が変わったケースです。国税庁の年末調整Q&Aでは、年末調整が終わった後でも「給与所得者の扶養控除等異動申告書」を出してもらえば、翌年1月に源泉徴収票を交付する時まで再計算できると回答しています（令和8年分 年末調整Q&A）。扶養控除等申告書の欄ごとの書き方は扶養控除等申告書の書き方と記入例にまとめています。

令和8年分で増えやすい誤り：所得要件の改正

令和8年度税制改正による基礎控除の引上げ等は、原則として令和8年12月1日に施行され、令和8年分の所得税から適用されます。11月までの毎月の源泉徴収は変わらず、12月の年末調整でまとめて精算する仕組みです（国税庁「令和8年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について」）。そのため今年は、改正前の金額のまま判定したことによる誤りが出やすくなります。

• 基礎控除は合計所得金額に応じて最大104万円（所得税法の62万円＋租税特別措置法の加算額）
• 給与所得控除の最低保障額が65万円から74万円へ
• 控除対象扶養親族・同一生計配偶者の合計所得金額の要件が62万円以下へ
• 特定親族特別控除の対象は、19歳以上23歳未満で合計所得金額62万円超123万円以下の親族

改正で新たに扶養親族に該当することになった人も、異動申告書の提出が必要です（令和8年分年末調整のしかた（手順などの説明））。たとえば、年収がやや高いため扶養から外していたパートの配偶者や大学生の子が、改正後の基準では対象になっていた、という漏れが考えられます。改正点の全体像は令和8年分 年末調整の変更点（基礎控除104万円・特定親族特別控除）で確認できます。

保険料控除証明書・住宅ローン控除申告書が後から出てきた

生命保険料や地震保険料の控除証明書、住宅借入金等特別控除申告書が年末調整の後に出てきた場合も、翌年1月末日までなら再調整できます。逆に、証明書類を翌年1月末日までに出すことを条件に控除して年末調整をしたのに、期日までに出てこなかった場合は、その保険料を除いてやり直し、不足額を徴収することになります（年末調整のしかた 43ページ）。

12月中の給与の追加払と、翌年の遡及改定

年末調整の後、その年のうちに本年分の給与を追加で払うことになった場合は、追加額を合算して年末調整をやり直します。一方、翌年になって給与改定が行われ、前年分まで遡って差額を支給する場合は、その差額は改定が行われた年分の所得になるため、前年分の年末調整をやり直す必要はありません。ここを取り違えて不要な再調整をしてしまう例があるので注意してください。

年末調整を再調整する手順（6ステップ）

再調整は「最初から全部計算し直す」作業ではなく、異動のあった項目だけを差し替えて年税額を出し直す作業です。次の順で進めると漏れがありません。

1. 誤りの内容と方向を確定する：どの控除が、いくら、増えるのか減るのか。税額が戻るのか足りないのかを最初に決めます。
2. 従業員から申告書を出し直してもらう：扶養なら扶養控除等（異動）申告書、配偶者・特定親族なら基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼特定親族特別控除申告書、保険料なら保険料控除申告書と証明書。会社の判断だけで控除を足し引きしません。
3. 源泉徴収簿の年末調整欄を計算し直す：所得控除の合計から年調年税額まで再計算し、当初の年税額との差額を出します。
4. 差額を精算する：還付なら以後に納付する源泉徴収税額から差し引いて本人に返し、不足なら以後の給与から徴収します（次の章で詳しく説明します）。
5. 源泉徴収票を作り直して交付する：交付済みなら「再交付」と表示して渡し直します。
6. 給与支払報告書・法定調書を直す：提出前なら正しいもので提出、提出後なら訂正分を出します。

源泉徴収簿の欄ごとの計算順（所得控除の合計から差引超過額又は不足額まで）は、源泉徴収簿の書き方｜年末調整欄の記入例と過不足精算で記入例つきで解説しています。再調整では、当初の計算に使った欄の数字を消さずに残し、やり直し後の数字を別に書いておくと、後から経緯を追えます。

過不足額の精算と納付書（所得税徴収高計算書）への反映

再調整で出た差額の精算は、通常の年末調整の過不足精算と同じ考え方で行います。通達190-5は、再計算で生じた差額は所得税法第191条（過納額の還付）の規定に準じて還付する（まだ徴収していない不足額があれば、そこに充当する）としています。

還付になる場合

年末調整の過納額は、年末調整を行った月分（通常は12月分、納期の特例の承認を受けている場合は7月から12月までの分）として納付する源泉徴収税額から差し引いて本人に還付し、それで足りなければ、その後に納付する源泉徴収税額から順次差し引いて還付します（タックスアンサーNo.2675 年末調整の過不足額の精算）。再調整の時期が12月分を納付した後なら、翌月以降に納付する源泉徴収税額から差し引いて還付する流れになります。

納付する源泉徴収税額に比べて過納額が多く、還付することとなった日の翌月から2か月を経過しても還付しきれない見込みのときなどは、「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書 兼 残存過納額明細書」を所轄税務署に出して、税務署から還付を受ける方法があります（年末調整のしかた 39〜41ページ「過不足額の精算」）。

追加徴収になる場合

不足額は、その後に支払う給与から徴収します。1回で引くと手取りが大きく減る場合は、従業員に事前に金額と理由を伝えておかないと問い合わせが集中します。なお、年末調整の月の手取りが一定水準を下回る場合の「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」は、当初の年末調整時に使う手続です。再調整で生じた不足額に使えるかは資料から確認できなかったため、該当しそうなときは所轄税務署に確認してください。

納期の特例を受けている事業所の納付期限

源泉徴収した所得税は、原則として給与を支払った月の翌月10日までに納めます。給与の支給人員が常時10人未満で納期の特例の承認を受けている事業所は、7月から12月までの分の納付期限が翌年1月20日です（タックスアンサーNo.2505 納付期限と納期の特例）。顧問先の多くがこの特例を使っているため、1月20日より前に再調整が終われば、7〜12月分の所得税徴収高計算書（納付書）の「年末調整による超過税額・不足税額」に反映して一度で済ませられます。納付書の両欄には、その期間に実際に徴収・還付した金額を書きます。還付請求書で税務署から還付を受ける分は超過税額欄に含めません。1月20日を過ぎてからの再調整は、その後に徴収・還付する月を含む次の期間（1〜6月分、納期限7月10日）の納付書で精算する形になると考えられます。どの期間の納付書に載せるか迷ったら、所轄税務署に確認してください。納付書の欄の書き方は源泉所得税の納付書の書き方と納期の特例を参照してください。

源泉徴収票の再交付と再発行

「源泉徴収票の再発行」という言葉は、実務では2つの意味で使われます。内容を直して渡し直す再交付（訂正）と、紛失した人に同じ内容をもう一度渡す再発行です。

訂正した源泉徴収票は「再交付」と表示して渡し直す

すでに従業員に渡した源泉徴収票に誤りがあった場合は、正しい源泉徴収票を作成し、摘要欄に記載誤りとなった箇所などを書いたうえで「再交付」と表示して改めて交付します（国税庁 質疑応答事例「提出した法定調書に記載誤りを発見した場合の訂正方法」）。本人が古い源泉徴収票で確定申告や住宅ローンの審査を進めてしまわないよう、渡すときに「前に渡したものは使わないでください」と一言添えると安心です。

紛失による再発行は同じ内容で発行する

紛失の場合は内容を変えずに発行し直します。受給者に交付する源泉徴収票にはマイナンバーを記載しないので、税務署・市区町村提出用のデータをそのまま印刷しないよう注意してください。欄ごとの記載ルールや交付期限は源泉徴収票の書き方｜欄別の記入例と令和8年分の変更点で確認できます。

法定調書・給与支払報告書の訂正（令和8年分のみなし提出対応）

令和8年分からは「源泉徴収票のみなし提出の特例」が始まります。令和9年1月1日以後に市区町村へ給与支払報告書を提出すれば、税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなされます（源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ）。このため、訂正の窓口も変わります。

国税庁の「源泉徴収票のみなし提出の特例に関するQ&A」問12によると、訂正した給与支払報告書を市区町村に出せば、税務署に訂正後の源泉徴収票を出したものとみなされるため、税務署へ無効分・訂正分の源泉徴収票を別途出す必要はありません（源泉徴収票のみなし提出の特例に関するQ&A）。

一方、税務署へ直接提出する法定調書の訂正は、従来どおり「無効分の調書（同じ内容の写し）」「無効分の合計表（提出区分4）」「正しい調書（訂正分）」「訂正分の合計表（提出区分3）」の4点を出す方法です。合計表の書き方は法定調書合計表の書き方｜記入例と記載ミス、給与支払報告書の提出先や総括表は給与支払報告書の書き方｜総括表・個人別明細書の記入例で詳しく扱っています。

住民税は給与支払報告書をもとに市区町村が計算します。報告書の訂正が遅れると、5月頃に届く特別徴収税額の通知も誤った金額のままになりかねません。再調整をしたら、源泉徴収票と給与支払報告書を同じ日に直す運用にしておくと漏れません。

AIの使いどころ：申告書の突合チェックと再提出依頼文

再調整の作業で時間を取られるのは、計算そのものより「誰の何が漏れているか」を見つける作業と、従業員に出し直しをお願いする連絡です。ここはAIに下書きさせやすい部分です。反対に、控除に該当するかどうかの判定、期限、金額の確定はAIに任せず、人が国税庁の資料で確認します。

扶養控除等申告書と前年データの突合チェック

前年の申告内容と今年の申告内容を並べて、差分と確認すべき点を洗い出させます。氏名・マイナンバー・生年月日の全桁はAIに入れず、社員番号や「長女（20歳）」のような表記に置き換えてから使ってください。

あなたは給与担当者の補助です。以下は従業員ごとの扶養親族の一覧です。
【前年分の申告内容】と【令和8年分の申告内容】を比べて、次の3点を表にしてください。
1. 前年はいたが今年は記載がない親族（記載漏れの可能性）
2. 今年から追加された親族と、その理由として考えられること
3. 年齢（12月31日時点）から見て、特定扶養親族・特定親族・老人扶養親族の区分を確認すべき人

【前提】令和8年分は扶養親族等の所得要件が改正されています。所得の金額による判定はしないで、「所得の確認が必要」と書くだけにしてください。
【前年分の申告内容】（社員番号／続柄／生年／所得見積額）
【令和8年分の申告内容】（同上）

うまくいかない例として、「この人は扶養控除の対象になりますか」と判定を聞いてしまうと、AIは改正前の金額で答えることがあります。判定は国税庁の資料で人が行い、AIには差分の抽出と確認リストづくりだけを任せるのがコツです。

従業員への再提出依頼文の下書き

以下の条件で、従業員への申告書の再提出のお願いを社内チャット用に作成してください。
・宛先：【従業員名】さん
・内容：年末調整の確認で【扶養控除等（異動）申告書】の【長女の記載】が漏れている可能性がある
・お願いすること：【申告書の該当欄への記入】と提出
・提出期限：【1月20日（水）】（源泉徴収票の作成前に反映するため）
・結果：反映できれば【所得税が戻る見込み】で、【2月の給与】で精算する
・文体：丁寧だが短く。責める表現は使わない。5行以内

税額の見込みを書くときは、AIに金額を計算させず、源泉徴収簿で出した数字を人が入れてください。年末調整の案内文や催促文のひな形は年末調整の案内文テンプレートと依頼文例にもあります。

士業AIでできること

士業AIの税務AIは、国税庁などの公的な資料を参照しながら回答や下書きを作ります。「再調整はいつまでできるか」のような問いに出典つきで答えるため、根拠ページをすぐ開いて確認できます。経理・総務の担当者向けの活用例は経理・総務スタッフ向けの士業AIの紹介ページ、顧問先の年末調整を受託している事務所向けには税理士向けの紹介ページで紹介しています。

1月31日を過ぎて見つかったとき：従業員への確定申告の案内

2月以降に控除の漏れが分かった場合、会社としてできるのは、本人が確定申告で直せるように材料をそろえて案内することです。

確定申告をしていない人は還付申告（5年以内）

確定申告の義務がない給与所得者でも、源泉徴収された税額が本来の年税額より多ければ、確定申告で還付を受けられます。この還付申告は、確定申告期間とは関係なくその年の翌年1月1日から5年間出せます（タックスアンサーNo.2030 還付申告）。

すでに確定申告した人は更正の請求

医療費控除などですでに確定申告をした人が扶養控除の漏れに気づいた場合は、更正の請求をします。更正の請求ができるのは、原則として法定申告期限から5年以内です（タックスアンサーNo.2026 確定申告を間違えたとき）。

会社が渡すもの・伝えること

• 年末調整済みの源泉徴収票（原本）
• 漏れていた控除の内容（例：「長女の扶養控除が反映されていません」）
• 確定申告書等作成コーナーで、源泉徴収票の金額を入れたうえで控除を追加すれば作れること
• 住民税は確定申告の内容が市区町村に回ることで反映されるのが一般的であること（詳細は住所地の市区町村に確認）

会社の判断で控除を足した源泉徴収票を作り直して渡す、という対応は、再調整の期限を過ぎている以上できません。本人に確定申告をお願いする形になる点を、最初にはっきり伝えるとやり取りが短くなります。

年末調整のやり直しでよくある質問

年末調整のやり直しは12月中でないとできませんか？

いいえ。異動が12月31日までに生じていれば、申告を受けて翌年1月末日（源泉徴収票を交付するまで）に再調整できます。ただし異動の判定はあくまで12月31日の現況です。1月に結婚した、1月に子が就職した、といった翌年の出来事は前年分には影響しません。

扶養控除の漏れが2月に分かりました。会社で直してもらえますか？

税金が戻る方向の誤りなら、本人の確定申告（還付申告）で直すのが原則です。会社は源泉徴収票と漏れていた内容を伝えて案内します。逆に、扶養から外すべき人を入れていたなど税金が足りない方向の誤りは、1月を過ぎていても会社が再調整して不足額を徴収する必要があります。

源泉徴収票を作り直したら税務署にも出し直しますか？

令和8年分で給与支払報告書を市区町村に提出している場合は、市区町村に訂正分の給与支払報告書を出せば足り、税務署へ源泉徴収票を別途出す必要はありません（みなし提出の特例Q&A問12）。令和7年分以前は従来どおり、税務署に無効分と訂正分を出します。

年末調整をやり直すと住民税はどうなりますか？

住民税は給与支払報告書をもとに計算されるため、訂正した給与支払報告書を提出先の市区町村へ出すことで反映されます。提出前に再調整が終わっていれば、正しい内容で1回出すだけで済みます。

まとめ：1月末日までに「申告書の出し直し→再計算→再交付→訂正」を一気に

年末調整のやり直しは、翌年1月末日（源泉徴収票の交付まで）が境目です。それまでなら会社が再調整でき、過ぎた後は、税金が戻る方向なら従業員の確定申告、足りない方向なら会社の再調整で直します。令和8年分は12月施行の改正を12月の年末調整で精算する年なので、所得要件の判定漏れが例年より出やすいと考えておくとよいでしょう。

手順は、①誤りの方向を決める、②申告書を出し直してもらう、③源泉徴収簿を再計算する、④差額を精算して納付書に反映する、⑤源泉徴収票を「再交付」する、⑥給与支払報告書・法定調書を訂正する、の6つです。差分の洗い出しと依頼文はAIに下書きさせ、判定と金額は国税庁の資料で人が確かめる。この分担にすると、1月の短い期間でも再調整を回せます。年末調整全体の段取りは年末調整の効率化【2026年】回収・不備チェック・電子化をAIで、申告書の記入手順は年末調整の書き方【令和8年分】申告書の記入手順とAI下書き術もあわせて確認してください。

参考文献

• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」43ページ（年末調整後に給与の追加払や扶養親族等の異動があった場合の再調整）
• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」39〜41ページ（過不足額の精算）
• 国税庁「所得税基本通達 法第190条《年末調整》関係」（190-5 年末調整後に所得控除に異動があった場合の再調整）
• 国税庁 タックスアンサーNo.2671「年末調整の後に扶養親族等の人数が異動したとき」
• 国税庁「令和8年分 年末調整Q&A」
• 国税庁 タックスアンサーNo.2675「年末調整の過不足額の精算」
• 国税庁 タックスアンサーNo.2505「源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例」
• 国税庁 質疑応答事例「提出した法定調書に記載誤りを発見した場合の訂正方法」
• 国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例に関するQ&A」
• 国税庁「令和8年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について」
• 国税庁 タックスアンサーNo.2030「還付申告」
• 国税庁 タックスアンサーNo.2026「確定申告を間違えたとき」